Scooby-Doo! and Krypto, Too หลายเดือนหลังจากที่ Justice League หายตัวไปอย่างลึกลับ Lois Lane และ Jimmy Olsen ได้ทำการสืบสวน Hall of Justice แต่ถูกผีไล่ล่าอย่างรวดเร็ว ทำให้พวกเขาต้องโทรเรียก Mystery Inc. เพื่อขอความช่วยเหลือ ระหว่างทางไปยัง Metropolis แก๊งค์ได้ค้นพบว่าเมืองนี้เต็มไปด้วยเหล่าร้าย (Giganta, Solomon Grundy, Joker, Harley Quinn, General Zod, Non, Ursa และ Brainiac) อันเป็นผลจากการที่ Justice League หายตัวไป พวกเขาหนีไปยัง Daily Planet ได้หวุดหวิด แต่ก็ได้พบกับ Lois และ Jimmy (ซึ่งประกาศว่า Daphne เป็นแฟนของเขา แม้ว่าเธอจะคัดค้านก็ตาม) และพวกเขาก็อธิบายสถานการณ์ให้พวกเขาฟัง พวกเขายังได้ไปเยี่ยมชม Hall of Justice และได้พบกับ Lex Luthor, Mercy Graves และ Rex Ruthor สุนัขของ Luthor
ทันใดนั้น ผีก็ปรากฏตัวขึ้นและคุกคามแก๊งค์ แต่ถูกสุนัขลึกลับที่มีพลังพิเศษขับไล่ออกไป ซึ่งได้เริ่มล็อกดาวน์แก๊งค์เพื่อไม่ให้ผีหลบหนีได้ ติดอยู่ข้างในกับลูเธอร์และเพื่อนร่วมงานของเขา เขาแนะนำสุนัขตัวนี้ให้แก๊งรู้จักในฐานะคริปโต สุนัขเลี้ยงของซูเปอร์แมนที่กลายเป็นเพื่อนกับสคูบี้ดูอย่างรวดเร็ว พวกเขาดำเนินการสืบสวนต่อไป แชกกี้ สคูบี้ และคริปโตบุกเข้าไปในครัว แต่บังเอิญเรียกภาพโฮโลแกรมของกองทัพแห่งหายนะออกมา ทำให้แผงควบคุมทำงานผิดปกติ แชกกี้และสคูบี้เบี่ยงเบนความสนใจภาพโฮโลแกรมนานพอที่คริปโตจะปิดมันลง แต่กลับพบว่าโซโลมอน กรันดีแทรกซึมเข้าไปในอาคาร ทำให้แก๊งต้องไล่ล่ากันเป็นเวลานาน ระหว่างนั้น พวกเขาพบภาพโฮโลแกรมในช่วงเวลาที่จัสติสลีกหายตัวไป
หลังจากที่กรันดีหายตัวไปอย่างกะทันหันในแสงวาบ แก๊งก็รู้ว่ามีผีสิงอยู่ในฮอลล์แห่งความยุติธรรมอีก เวลมาค้นพบผู้ร้ายที่อยู่เบื้องหลังปริศนา: เมอร์ซี่ เกรฟส์ ผู้ต้องการเปลี่ยน Hall of Justice ให้เป็นสำนักงานใหญ่ของเหล่าวายร้ายของเธอเองที่ด้านหลังของลูเธอร์ หลังจากดักจับ Justice League ใน Phantom Zone โดยใช้ Phantom Zone Projector ซึ่งอธิบายเกี่ยวกับ Phantom Zone เอง ก่อนที่กลุ่มจะประกาศว่าไขปริศนาได้แล้ว ลูเธอร์ก็เข้ามาแทรกแซงแผนการของเมอร์ซี่อย่างกะทันหัน โดยเปิดเผยว่าเขารู้เรื่องนี้และใช้แผนนั้นเพื่อปกปิดแผนการปกครองเมโทรโพลิสด้วยกองทัพหุ่นยนต์ นอกจากนี้ เร็กซ์ยังถูกเปิดเผยว่าเป็นหุ่นยนต์และต่อสู้กับคริปโตเพื่อแย่ง Phantom Zone Projector ในขณะที่กลุ่มกำลังหมกมุ่นอยู่กับลูเธอร์และกองทัพของเมอร์ซี่ แม้ว่าเร็กซ์จะมีข้อได้เปรียบด้วยคริปโตไนต์ในวงจรของเขา แต่สุดท้ายคริปโตก็จัดการเอาชนะได้และใช้โปรเจ็กเตอร์เพื่อดักจับกองทัพหุ่นยนต์และปลดปล่อย Justice League (ซูเปอร์แมน วันเดอร์วูแมน อควาแมน แฟลช และฮอว์กแมน) และแม้แต่โซโลมอน กรันดี
หลังจากนั้น ลูเธอร์และเมอร์ซี่ถูกจับกุม ขณะที่กรันดีถูกเปิดเผยว่าพยายามผูกมิตรกับสคูบี้ แม้ว่าจะค่อนข้างก้าวร้าวก็ตาม เมื่อคดีจบลง Mystery Inc. ได้พบกับคลาร์ก เคนท์ จิมมี่ “เลิกรา” กับแดฟนี และสคูบี้กับคริปโตก็แบ่งขนมกับแฟลชเป็นครั้งสุดท้าย
