บุพเพสันนิวาส 2 ภาพยนตร์บอกเล่าเรื่องชาติภพต่อมาของพ่อหมื่นและแม่หญิงการะเกดที่มีฉากหลังในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้นในฐานะ ขุนสมบัติบดี นายช่างใหญ่ประจำกรมพระคลัง กับ เกสร ลูกสาวขุนนางใหญ่ในกรมพระตำรวจ ที่ได้มาพบกันด้วยการชักนำของความฝัน และการปรากฏตัวของชายแปลกหน้าปริศนาท่าทางผิดยุคอย่าง เมธัส ก่อนทั้งหมดจะต้องร่วมมือกันช่วยเหลือและกอบกู้ประวัติศาสตร์ ภาพยนตร์ไม่ถือว่าเป็นภาคต่อของ บุพเพสันนิวาส ฉบับละครและ พรหมลิขิต แต่เป็นภาพยนตร์ภาคแยกที่มีเรื่องราวเส้นเวลาที่คาบเกี่ยวเชื่อมโยงกัน ระหว่างละครทั้งสองเรื่อง
เมธัส หันตระกูล พ่อค้าออนไลน์ ข้ามเวลาจากปี พ.ศ. 2564 ด้วยปืนคาบศิลาโบราณซึ่งเป็นสมบัติของบรรพบุรุษ หลังเกิดสุริยุปราคาที่ วัดประยุรวงศาวาสวรวิหาร มายังสยาม ปี พ.ศ. 2384 สมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น เขาได้เข้าไปทำงานรับใช้ในฐานะมือขวาของ หลวงอาวุธวิเศษประเทศพานิช หรือ นายหันแตร ที่ บริติช แฟคทอรี่ หรือ โรงสินค้าสหราชอาณาจักรบริเตนใหญ่เเละไอร์แลนด์ ด้วยการชวนเชิญของแองเจลิน่า หรือ ท่านผู้หญิงทรัพย์ ภรรยาของนายหันแตรที่สืบเชื้อสายมาจากเจ้าพระยาวิชาเยนทร์ เมธัสพยายามใช้ปืนส่งตัวเองกลับไปยุคปัจจุบันทุกวันที่มีโอกาส แต่ก็ไม่เป็นผลสำเร็จ
สามปีหลังจากนั้น ขุนสมบัติบดี นายช่างใหญ่ประจำกรมพระคลัง ได้ถอนหมั้นหญิงที่พ่อแม่สื่อชักใยตั้งแต่วัยเยาว์ เพราะหลงใหลในภาพสตรีใบหน้างดงามที่เป็นความฝันของเขาต่อเนื่องมาตลอดหลายปี ขณะเดียวกัน เกสร ลูกสาวขุนนางใหญ่ในกรมพระตำรวจ หญิงสาวหัวสมัยใหม่ที่ไม่เก่งเรื่องงานบ้านงานเรือน แต่ได้รับการร่ำเรียนจาก บาทหลวง ฌ็อง-บาติสต์ ปาลกัว ที่โบสถ์อัสสัมชัญ จนเธอพูดจาฉะฉาน เชี่ยวชาญภาษาอังกฤษและความรู้ด้านประวัติศาสตร์โลก บาทหลวงซื้อสมุดบันทึกโบราณสมัยอยุธยาเพื่อมามอบหมายให้เกสรศึกษา โดยสมุดบันทึกนั้นสำนวนอันประหลาดกว่ายุคสมัย เธอได้ลองอ่านจนค้นพบว่า เจ้าของบันทึกนั้นคือ เกศสุรางค์ ที่เสียชีวิตจากอุบัติเหตุรถยนต์ในยุคปัจจุบัน และย้อนเวลากลับมาที่ร่างของคุณหญิงการะเกดในยุคอยุธยา และครองรักกับออกขุนศรีวิสารวาจา เกศสุรางค์ใช้ความรู้ทางประวัติศาสตร์จดบันทึก เพื่อบอกเล่าและเตือนลูกหลานให้เตรียมรับมือกับสิ่งที่จะเกิดขึ้นในอนาคต
ภพได้เจอกับเกสรเป็นครั้งแรกในโรงละครที่เสด็จในกรม เจ้านายชั้นผู้ใหญ่ผู้ทรงอิทธิพลในเขตคุ้งน้ำเจ้าพระยาที่อายุยังน้อย เป็นเจ้าของ แรกเริ่มเขามีปากเสียงกับเธอ แต่เมื่อสบตาเกสร ภพรู้ทันทีว่านั่นคือนางในฝันของตน และผิดหวังที่ตัวเองไปถอนหมั้นเธอ จึงตัดสินใจที่จะตามจีบเกสรใหม่ แต่เกสรที่ไม่ชอบหน้าและพฤติกรรมของภพ อีกทั้งมองว่าความเชื่อเรื่องบุพเพสันนิวาสเป็นเรื่องงมงาย จึงตอบปฏิเสธภพอย่างไม่ไยดี เมื่อเห็นดังนั้นภพขอให้ พระสุนทรโวหาร ผู้เป็นเหมือนครูและอาจารย์คนสนิทหาทางช่วยให้เขาย้อนเวลากลับไปไม่ให้เขาถอนหมั้น แต่สุนทรภู่บอกว่าให้เขาใช้หัวใจนำทาง ภพจึงต้องหาทางพิสูจน์ว่าเขากับเธอเกิดมาเพื่อคู่กัน แต่กลับทำให้เกสรรำคาญมากกว่าเดิม
เวลาต่อมา ดิ เอ็กซ์เพรส เรือเหล็กกลไฟของนายหันแตร ได้แล่นมาเทียบท่าถึงสยาม ท่ามกลางความตื่นเต้นของเกสรและปี่ บ่าวรับใช้ของเธอ โดยภพก็ตามมาต้อนรับนายหันแตรพร้อมกับเจ้านายด้วย เขาได้พบกับเกสรอีกครั้ง แต่เมื่อเกสรเกิดอุบัติเหตุจนเกือบพลัดตกน้ำ เมธัสได้เข้ามาช่วยเกสรไว้ก่อนภพ ภพไม่ชอบหน้าเมธัสและยึดของทั้งหมด รวมถึงปืนของเขาไป เกสรหาทางเอาปืนคืนให้เมธัส แต่ถูกภพจับได้ เกสรยอมพาภพมาเจอเมธัส ภพคืนของทั้งหมดให้ เมธัสเล่าเรื่องที่เขาย้อนเวลาให้ฟัง เกสรสนใจเรื่องราวของเมธัสจึงพาเขากับภพไปหาบาทหลวงที่โบสถ์ บาทหลวงได้ใช้เครื่องมือจนพบว่าสุริยุปราคาจะเกิดขึ้นภายในอีก 3 เดือน แต่เมื่อการะเกดได้อ่านสมุดบันทึกโบราณถึงสิ่งที่เป็นเรื่องที่ยังไม่เกิดขึ้นเกี่ยวกับบาทหลวง เขายึดสมุดบันทึกโบราณทั้งหมดไปเก็บไว้ สั่งห้ามไม่ให้เกสรอ่านบันทึกนั้นอีก โดยอ้างว่าเพราะบัญชาพระเจ้าที่กำหนดความเป็นไปของประวัติศาสตร์
ภพและเจ้านายได้พานายหันแตรมาเข้าเฝ้าเสด็จในกรมเรื่องการซื้อเรือกลไฟ แต่เสด็จในกรมไม่สนใจซื้อ เพราะไม่เชื่อว่าเรือกลไฟนั้นสามารถใช้การแล่นในน้ำได้ นายหันแตรเผลอทำตัวเสมอเสด็จจึงถูกขุนยุทธมาตย์ นายทหารผู้เป็นเสมือนแขนขาอันแข็งแกร่งของเสด็จในกรมลงโทษ นายหันแตรโมโหข่มขู่ภพกับเจ้านายว่าจะไปฟ้องรัฐบาลอังกฤษ ตั้งใจเพื่อเอาเรือกลไฟไปขายให้ โคชินไชน่า นำเอาเรือรบมาปิดปากอ่าวให้ก่อสงครามกับสยาม ภพร่วมมือกับเกสรและเมธัสคิดสร้างเรือกลไฟจำลองเพื่อให้เสด็จในกรมเปลี่ยนใจ เพื่อยับยั้งความขัดแย้งกับชาติตะวันตก แต่ภพได้รับบาดเจ็บจากการปกป้องเกสรและเมธัส ขณะการทดสอบเรือกลไฟจำลองเกิดความผิดพลาดจนระเบิด เขาได้รับการรักษาจากแดน บีช แบรดลีย์ แต่หลังจากที่สร้างแบบเรือจำลองเสร็จ เสด็จในกรมกลับปฏิเสธไม่ซื้อเรือกลไฟ ซึ่งเป็นเรือเก่าที่ราคาสูงเกินความจำเป็น ทำให้สถานการณ์ระหว่างสยามกับชาติตะวันตกแย่ลงกว่าเดิม
แม้ภพและเกสรจะเริ่มมีความรักต่อกัน แต่ด้วยความลังเลของเกสร เธอจึงปฏิเสธคำขอแต่งงานของภพ หลังจากนั้น ภพสังเกตเห็นความผิดปกติบางอย่างที่โรงละครของเสด็จในกรม เขาจึงตัดสินใจเดินทางมาที่โบสถ์เช่นเดียวกับเกสร ทั้งคู่ได้พบกับเมธัสที่ลักลอบขโมยบันทึก เมธัสได้อ่านสมุดบันทึกให้ทั้งคู่ฟังว่าเหตุการณ์จะแย่ลงหลังเสด็จในกรมไม่รับซื้อเรือ แต่สบโอกาสแอบฉีกหน้าหนึ่งจากบันทึกออกมาโดยอ้างว่าบันทึกมีเพียงเท่าที่เขาได้อ่าน ภพและเกสรจึงแยกย้ายไปหาเบาะแส ภพได้พาสุนทรภู่ลักลอบเข้าไปในโรงละคร และได้พบว่าในโรงละครนั้นมีอาวุธที่ใช้ในการก่อกบฎ
เมธัสไปที่ห้องทำงานของนายหันแตร เห็นนายหันแตรที่พายเรือไปที่ลับตาจึงสะกดรอยตาม แต่โดนขุนยุทธมาตย์จับได้ นายหันแตรพาตัวกลับมาที่ห้องทำงาน เมธัสพยายามห้ามในสิ่งที่นายหันแตรพยายามทำ นั่นคือการก่อกบฏในสยามร่วมกับเสด็จในกรมที่ตั้งใจจะให้มอบยศนายหันแตรในการควบคุมกรมพระคลังของสยามทั้งหมด เมธัส ถูกนายหันแตรเล็งปืนขู่จึงพูดความจริงว่าเขาเป็นลูกหลานหันแตรจากอนาคต นายหันแตรโกรธจัดด้วยมองเป็นเรื่องเหลวไหล จึงขังเมธัสไว้ในห้องทำงานของเขา เพื่อตั้งใจจะส่งขายไปเป็นทาสที่สิงคโปร์หลังเสร็จภารกิจ
วันที่สุริยุปราคาจะมาถึง ภพตามมาช่วยเมธัสออกมาจากห้อง แต่โกรธจัดที่ได้รู้ความจริงว่า เมธัสกำลังทรยศสยามโดยพยายามจะปกปิดเรื่องที่นายหันแตรทำด้วยการฉีกบันทึกหน้าสำคัญที่ระบุว่า นายหันแตรจะพาเรือกลไฟที่มีปืนใหญ่ยิงเข้าที่กำแพงเมือง ทำให้เขาถูกเนรเทศออกจากสยามตลอดชีวิต เมธัสคือคนที่จะพยายามจะเปลี่ยนแปลงประวัติศาสตร์ของบรรพบุรุษที่เขาเชื่อให้เปลี่ยนไป โดยการแลกกับการที่สยามต้องตกเป็นเมืองขึ้นของอังกฤษ
ภพรีบเดินทางไปที่เรือเหล็กกลไฟและได้พบปืนใหญ่เป็นจำนวนมากถูกบรรทุกโดยมีขุนยุทธมาตย์เป็นคนคุมงาน เขาเล่นงานทหารเรือที่ไม่ระวังตัวและขโมยชุดมาใส่ก่อนจะแอบลักลอบขึ้นเรือไป ในขณะที่เกสรและปี่ที่ตามมาส่งเมธัสได้รับรู้ความจริงถึงสิ่งที่กำลังจะเกิดขึ้นในอนาคต เมธัสได้รับภาพวาดของภพ ที่มีตัวเขา ภพและเกสร มีข้อความเขียนอวยพรให้เขามีความสุขในอนาคต เขาซาบซึ้งในมิตรภาพและรู้สึกผิดต่อความเห็นแก่ตัวของตนจึงเดินทางไปที่เรือกลไฟ เกสรรีบสั่งให้ปี่ส่งจดหมายข่าวเรื่องแผนการร้ายไปให้พระมหามนตรี พ่อของเธอที่เดินทางไปปากน้ำ ส่วนเธอจะไปช่วยภพกับเมธัสแม้ปี่จะทัดทานด้วยคิดว่าเกสรอาจเป็นอันตราย เกสรร่วมมือกับเมธัสจับตัวนายหันแตรไว้ แต่โดนทหารของเขาและขุนยุทธมาตย์จับตัวขึ้นไปไว้บนเรือก่อนจะแล่นไปยังกำแพงเมืองที่ซึ่งชาวบ้านกำลังสนใจกับสุริยุปราคาที่จะมาถึง
ความจริงได้เปิดเผยว่าการกบฎนั้นเป็นการจัดฉากวางแผนของพระสุรสวัสดิ์และเจ้านายฝั่งอังกฤษ ที่ยุยงให้เสด็จในกรมไม่ซื้อเรือกลไฟจากนายหันแตรตั้งแต่แรก เพื่อใช้เป็นอุบายในการก่อกบฏโดยอ้างชื่อเสด็จในกรมให้นายหันแตรเข้าใจว่าตัวเองจะได้เป็นผู้ควบคุมคลังทั้งหมดของสยาม นายหันแตรตั้งใจใช้ปืนใหญ่นั้นยิงเพื่อข่มขู่ แต่ขุนยุทธมาตย์กลับจับตัวเขาและทหารไว้ ตั้งใจใช้ปืนใหญ่ยิงเข้าที่กำแพงของเมืองเพื่อใส่ร้ายว่าเป็นฝีมือของนายหันแตรกับกัปตันเวลเลอร์ ผู้เป็นคนบังคับเรือ นายหันแตร เกสร และกำลังสิ้นหวัง แต่ภพที่แอบซ่อนตัวอยู่บนเรือได้เข้าช่วยเหลือเกสรไว้ แต่ทหารกบฏได้กลับมาเล่นงานภพที่คอยถ่วงเวลา ในขณะที่เกสรเดินทางไปคันบังคับเรือเพื่อเปลี่ยนทิศทางยิง ด้วยความช่วยเหลือที่ตามมาสมทบจนสำเร็จ แต่ ขุนยุทธมาตย์ เล่นงานจนหมดสภาพ ภพเข้าต่อสู้จนทำให้หน้ากากของขุนยุทธมาตย์หลุดออก ตัวจริงของขุนยุทธมาตย์คือ สายลับจากฝั่งอังกฤษที่ดุดัน แข็งแกร่ง และมีความสามารถในการต่อสู้เป็นอย่างมาก
ภพโดนเล่นงานคืนอย่างหนักด้วยความโมโหของขุนยุทธมาตย์จนหมดสภาพ ขุนยุทธมาตย์ตั้งใจจะใช้จุดคบไฟปืนใหญ่อีกครั้ง แต่โดนสุนทรภู่ที่ใช้คัมภีร์ที่ได้มาท่องมนต์เป่าลมไว้ไม่ให้คบไฟถูกจุดติด แต่ก็พลาดท่าเพราะมีช่วงของมนต์ที่อ่านยากไปจนเปิดโอกาสให้ขุนยุทธมาตย์จุดคบไฟสำเร็จ เกสรใช้โทรศัพท์มือถือของเมธัสปาใส่ที่มือของขุนยุทธมาตย์จนคบไฟร่วงหล่นลงแม่น้ำ ขุนยุทธมาตย์โกรธจัดเตรียมใช้ปืนคาบศิลายิงใส่เธอ เกสรหยิบปืนอาวุธวิเศษประเทศพานิชที่ตกอยู่เตรียมลั่นไกใส่ขุนยุทธมาตย์ซึ่งเป็นช่วงเกิดสุริยุปราคาพอดี แม้จะเตือนว่าคนใช้ปืนอาจจะข้ามเวลาไปอนาคตก็ตาม ภพจับมือเกสรไว้และสัญญาว่าจะตามไปทุกที่ก่อนจะลั่นไกใส่ไหล่ขุนยุทธมาตย์สิ้นฤทธิ์ แรงถีบและระเบิดของปืนไม่ได้พาร่างทั้งสองข้ามเวลา แต่กลับพาร่างทั้งสอง พร้อมกับเศษปืนอาวุธวิเศษประเทศพานิช จมลงสู่คุ้งน้ำเจ้าพระยา
เกสรที่หมดสติเพราะจมน้ำ ฝันถึงตัวเองในร่างของ คุณหญิงการะเกด และพบสมุดบันทึกที่เธอเขียนไว้ รวมถึง พระยาวิสูตรสาคร ผู้ชายที่หน้าเหมือนภพคอยดูแลเป็นอย่างดี เกสรรู้ว่าภพกับเธอเป็นคู่บุพเพสันนิวาสกันจริง ๆ เธอฟื้นสติกลับมาเพราะภพช่วยพาเธอขึ้นจากแม่น้ำ และจูบผายปอดให้เธอจนปลอดภัย ทั้งสองแยกย้ายกันเมื่อบ่าวรับใช้ของเกสรเดินทางมารับด้วยความเป็นห่วง นายหันแตรได้มอบตัวกับทางการ และขอบคุณที่คอยช่วยเหลือเขามาตลอด ภพขอบคุณเมธัสที่ช่วยเหลือและเสียใจที่ไม่ได้กลับไปในยุคปัจจุบัน เชื่อว่าปืนนั้นตั้งใจจะกลับมาอดีตโดยพาตัวเขามาด้วย โดยไม่เคยตั้งใจจะให้เขากลับไปยุคปัจจุบันตั้งแต่แรกแล้ว เสด็จในกรมเข้าจับกุมพระสุรสวัสดิ์และเจ้านายฝั่งอังกฤษก่อนไหวตัวทัน เขาผิดหวังที่เคยเชื่อใจและเคารพมาตลอด พระสุรสวัสดิ์ลั่นว่าที่ทำไปทั้งหมดก็เพื่อเสด็จในกรม สุนทรภู่แอบท่องมนต์กฤษณะกาลีใส่พระสุรสวัสดิ์ ส่งผลให้เขาขาดใจตายในทันที พร้อมกับการเปิดเผยแผนร้ายต่อสยาม
ในเวลาต่อมา หมอบรัดเลย์เริ่มตีพิมพ์ บางกอกรีกอเดอ หนังสือพิมพ์ฉบับแรกของไทยที่เมธัสช่วยตั้งชื่อโดยบังเอิญ นายหันแตรถูกเนรเทศออกจากสยามพร้อมภรรยา ก่อนจะขายเรือเหล็กกลไฟให้กับโคชินไชน่าในเวลาต่อมา โดยทิ้งทรัพย์สินและคนรับใช้ทั้งหมดให้เมธัส ผู้เปรียบเหมือนลูกชายของเขา ขุนยุทธมาตย์ต้องโทษในคุก เมธัสรับช่วงต่อเป็นเจ้าของห้างสรรพสินค้า บริติช แฟคทอรี่ เขานำปืนอาวุธวิเศษประเทศพานิชที่หันแตรทิ้งไว้ใส่กล่องและพบว่ามันเหมือนกับกล่องใส่ปืนในปัจจุบันตั้งแต่แรกพร้อมหมวกที่เขาใส่ เมธัสจึงได้รู้ว่าตนคือบรรพบุรุษของหันตระกูล และได้สมรสกับอาเพ่ย หญิงสาวชาวจีน เหมือนในภาพถ่ายโบราณของบรรพบุรุษที่เขาเจอตอนค้นของในบ้านเก่า ซึ่งเป็นที่ตั้งของบริติช แฟคทอรี่ในยุคปัจจุบัน
เกสร เลิกอ่านบันทึกของคุณหญิงการะเกด แม้บาทหลวงจะมอบสมุดบันทึกคืนให้เพราะมันเป็นของเธอในอดีตชาติ โดยตั้งใจจะเขียนประวัติศาสตร์ในแบบของตัวเอง ควบคู่กับศึกษาเรื่องราวปัจจุบันไปพร้อมกับบาทหลวง ภพกับเกสรครองรักกันอย่างมีความสุข ทั้งคู่ไปขอให้บาทหลวงถ่ายรูปคู่ไว้ เพื่อเป็นหลักฐานให้ลูกหลานในกาลข้างหน้าได้รับรู้ว่า ความรักของพวกเขาคือ บุพเพสันนิวาส อย่างแท้จริ
หลังจากนั้น สุนทรภู่กับภพได้นำเอาคัมภีร์มนต์กฤษณะกาลีใส่กล่องนำมาฝังกลบไว้ ตั้งใจจะไม่ให้ใครนำคัมภีร์ดังกล่าวออกมาใช้อีก ด้วยอันตรายและอำนาจที่มีในคัมภีร์ เวลาผ่านไป 178 ปี ใน พ.ศ. 2565 ณ สวนแห่งหนึ่ง คนงานกำลังขุดดินทำสวนผักได้พบกับอะไรบางอย่าง จึงเรียก พุดตาน เจ้านายหญิงสวมผ้าขาวม้าปิดหน้าที่กำลังโพสต์อินสตาแกรมอยู่ให้มาดู เมื่อเธอตามมาถึงตรงที่หลุมขุดนั้น เผยให้เห็นเป็นกล่องใส่คัมภีร์มนต์กฤษณะกาลีที่สุนทรภู่กับภพฝังกลบไว้ตั้งแต่ยุครัตนโกสินทร์ตอนต้นนั่นเอง
