Spider-Man Into the Spider-Verse เป็นการเล่าเรื่องราวการผจญภัยของ ไมลส์ โมราเลส วัยรุ่นเชื้อสายแอฟริกัน/อเมริกันจากบรู๊คลิน ระหว่างที่เขาพยายามจะทำตัวกลมกลืนกับสังคมในโรงเรียนเอกชนแห่งใหม่ในแมนฮัตตัน
พ่อของ ไมลส์ เป็นเจ้าหน้าที่ตำรวจผู้เคร่งครัดกฎและแม่ของเขาก็เป็นพยาบาลผู้อุทิศตนกับงาน ทั้งคู่เป็นพ่อมี่รักลูกและภูมิใจกับความสำเร็จของลูก พวกเขาต้องการเห็นเขาประสบความสำเร็จในโรงเรียนแห่งใหม่ที่เต็มไปด้วยเด็กมีพรสวรรค์ อย่างไรก็ดี การปรับตัวให้กับเข้ากับโรงเรียนใหม่กลับเป็นเรื่องยากสำหรับไมลส์ ผู้อยากจะใช้เวลากับเพื่อนๆ ในละแวกบ้านของเขาหรือไปเยี่ยม แอรอน ลุงของเขา ที่สนับสนุนพรสวรรค์ของเขาฐานะนักวาดภาพกราฟิตี้ แม้ว่าไมลส์จะเทิดทูนแอรอน ลุงเจ้าเสน่ห์ของเขาก็เป็นตัวละครที่ค่อนข้างจะซับซ้อน ผู้เคยมีปัญหากับพวกผู้รักษากฎหมายในอดีต
ชีวิตของไมลส์เริ่มซับซ้อนยุ่งเหยิงมากขึ้นเมื่อเขาถูกแมงมุมที่ได้รับสารกัมมันตรังสีกัด และเขาก็พบว่าตัวเองเกิดมีพลังพิเศษขึ้นมา ซึ่งรวมถึงการพ่นพิษ การอำพรางตัว การยึดตัวติดกับวัตถุ การได้ยินอย่างเหลือเชื่อ สัมผัสพิเศษแบบแมงมุม และอื่น ๆ อีกมากมาย ในขณะเดียวกัน คิงพิน เจ้าพ่ออาชญากรตัวเอ้ของเมืองนี้ ได้พัฒนาเครื่องเร่งอนุภาคนิวเคลียร์ลับสุดยอด ที่จะเปิดประตูไปสู่จักรวาลอื่น ๆ และดึงเอาสไปเดอร์-แมนเวอร์ชันต่าง ๆ (ซึ่งรวมถึงปีเตอร์ ปาร์คเกอร์ คนเดิม, สไปเดอร์-เกวน, สไปเดอร์-แมน นัวร์, สไปเดอร์-แฮมและเพนนี ปาร์คเกอร์ ในแนิเมชั่น) เข้าสู่โลกของไมลส์
ภายใต้ความช่วยเหลือจากตัวละครที่คุ้นเคยอย่างปีเตอร์ ปาร์คเกอร์, สไปเดอร์-เกวน และป้าเมย์เวอร์ชั่นแสบสันต์และตัวละครใหม่ ๆ อย่างสไปเดอร์-แมน นัวร์, สไปเดอร์-แฮมและเพนนี ปาร์คเกอร์ ในอนิเม ไมลส์ก็ได้เรียนรู้ที่จะตอบรับความท้าทายและความรับผิดชอบในการเป็นซูเปอร์ฮีโร่ที่แท้จริง ท้ายที่สุดแล้ว เขาก็ตระหนักว่า ทุกคนสามารถสวมหน้ากากฮีโร่และลงมือต่อสู้เพื่อสิ่งที่ถูกต้องได้ทั้งนั้น
